Hanayamata menceritakan tentang Naru Sekiya seorang gadis yang berusia 14 Tahun dengan kecerdasan yang rata-rata, bakat yang rata-rata dan atletis yang rata-rata. Saat masuk kesekolah yang lebih tinggi ia berharap mengubah semua itu, namun sayangnya kenyataan jauh dari harapannya dan dia masih menjadi gadis yang “rata-rata”. Naru Sekiya kemudian berpikir, kenapa kehidupannya tidak seperti yang ada di dongeng-dongeng dimana gadis miskin menikah dengan pangeran tampan. Dan berharap seandainya ia bisa berada didunia seperti dongeng itu.
Suatu hari kehidupannya sebagai gadis yang serba “rata-rata” berubah saat ia bertemu dengan gadis berambut pirang yang menari di atas kuil. Bahkan Naru menganggap gadis itu adalah peri, tetapi sebenarnya gadis itu adalah gadis biasa sepertinya. Gadis itu bernama Hana N. Fountainstand yang berasal dari Amerika yang ternyata menyukai ‘Yosakoi”(sejenis tarian) dan bertujuan untuk membuat suatu klub menari.
Hana sangat bergemberi dapat bertemu Naru malam itu, dan Hana berusaha untuk merekrut Naru menjadi anggota pertama didalam klubnya itu. Namun Naru bukanlah gadis yang pandai menari, dan juga Naru bukanlah gadis yang “pede” untuk tampil menari didepan banyak orang. Nah, dapatkan Hana membujuk Naru agar dapat masuk ke klub itu?
