Pada awal abad ke-21, Institut Penelitian Kurobe Perserikatan Bangsa-Bangsa didirikan di Jepang untuk menyelidiki artefak kuno, yang ditemukan selama pembangunan Bendungan Kurobe. Para ilmuwan dari seluruh dunia telah berkumpul di fasilitas untuk mempelajari objek tersebut, sementara anak-anak mereka menikmati kehidupan sehari-hari mereka di Mt. Sekolah Menengah Internasional Tate.
Yukina Shirahane, seorang gadis sekolah menengah atas, adalah putri dari kepala ilmuwan fasilitas tersebut. Saat mengunjungi ibunya di fasilitas tersebut, Yukina berhasil memecahkan sebagian dari teka-teki artefak. Yang mengejutkan, yang muncul di hadapannya adalah Kennosuke Tokisada Ouma, seorang samurai muda dari era Sengoku.
Saat ancaman mendekat dari luar angkasa, Yukina, bersama dengan Kennosuke, mendapati dirinya membela Bumi melawan kekuatan penyerang. Sepanjang jalan, dia menemukan misteri di balik Kennosuke dan alasan dia bertekad untuk melindunginya.
